虽然对于采用口服避孕药抑制月经来潮这一做法的安全性，目前医学界还存在这样那样的不同声音，有一点却可以确定。那就是，无论是出于什么样的原因服用避孕药，避孕药确实会影响人体的代谢，如糖、蛋白质和脂肪代谢。一方面，由于口服避孕药内所含有的激素可使糖耐量降低，所以糖尿病、隐性糖尿病及有糖尿病家族史的女性应尽量避免服用。

另一方面，避孕药能使脂蛋白水平增高，对心血管疾病不利，可能导致血压升高、动脉硬化，所以高血压及高血脂的女性亦不宜服用。研究表明，长期服用口服避孕药的女性患高血压、高血黏度的比率要高于其他女性，35岁以上和有吸烟习惯的女性中这一趋势更为明显。而且，虽然大量流行病研究认为，避孕药能减少子宫内膜癌及卵巢癌的发生，对宫颈癌与乳腺癌发生的危险性没有总体影响，对乳腺良性肿瘤有保护作用，能够抑制已经存在的子宫肌瘤变大，但同时研究结构也显示避孕药可能导致产生新的子宫肌瘤。

另外，研究人员发现，服用口服避孕药可能会增加女性患宫颈癌的危险性，尤其是那些身体已经感染到某些致癌因素的女性。