一般臭豆腐在整个制作过程中，要求一直在自然条件下进行，而且对温度和湿度的要求非常高，一旦控制不好，很容易受到其它细菌的污染，轻者会引起人体胃肠道疾病，重者还会导致肉毒杆菌大量繁殖，产生一种有毒物质，肉毒毒素。这是一种嗜神经毒素，毒力极强，近年来曾报道过的臭豆腐中毒事件，就是由这种毒素引起的。

而没有按照正常的加工程序制作出来的臭豆腐危害极高！曾经有新闻报道过有人因为吃臭豆腐差点丢了性命，一位男士吃完臭豆腐就出现呕吐腹泻的情况，去医院已经是严重的脱水症，体温超过40℃，而且呼吸急促，血压低，并且5个脏器功能都出现了急性衰竭，昏迷了整整一个星期才恢复意识，一个月之后才康菲，而治疗费花了10多万元。

正是由于臭豆腐的制作流程复杂，据媒体报道，有些人想出了一些“简单”的方法，用化学手段做出臭豆腐。如用硫酸亚铁将豆腐染成黑色，再加上其它的臭味物质，即可成为臭豆腐。而在我国的《食品卫生法》中，是严格禁止使用化工原料硫酸亚铁作为着色用的食品添加剂的。